Die ehemalige Jesuitenkirche St. Josef wurde in den Jahren 1630 und 1631 vom kurfürstlichen Hofbaumeister der Stadt München, Isaak Pader, erbaut und am 9. November 1631 feierlich eingeweiht. Nach einem Brand im Jahr 1863 erfolgte 1874 die Neuweihe.
Die Burghauser Josefskirche entstand in enger Anlehnung an St. Michael in München, deren Errichtung den gesamten Kirchenbau im 17. Jahrhundert stark beeinflusste. Wenngleich die Gesamtdimensionen kleiner und der Figurenschmuck bescheidener ausfallen, ist die Kirche so nah am „Münchner Vorbild“, wie es nur selten zu finden ist.
Sehenswert ist schon die frühbarocke Fassade mit unter anderem einer Figur des Jesuitenheiligen und Stadtpatrons Franz Xaver und der schönen geschnitzten Eingangstür von 1781.
Im Innenraum konnte von der ursprünglichen Ausstattung leider nur wenig erhalten werden, jedoch ist der Hochaltar (um 1730) aus der Jesuitenaula des Kurfürst-Maximilian-Gymnasiums einen Besuch wert - neben der architektonischen Schönheit des Kirchenbaus mit seinen Gewölben, Bogennischen und Pilastern.
Heute wird der Kirchenraum für Ausstellungen genutzt, die kostenlos besichtigt werden können. Die Kirche wurde im Juni 2018 profaniert und ist nun Eigentum der Stadt Burghausen.
